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都是不成对的。在臀前鳍的前面，身体的腹部比较扁平，所以，这部分的横切面略呈三角形。在这部分的左右两侧，有由皮肤下垂形成的褶状物，称为腹褶。腹褶和臀前鳍的交界处，有一个孔，称为腹孔。它的身体分节十分明显，皮肤由单层细胞的表皮和冻胶状结缔组织的真皮构成，有光泽，体表没有鳞，呈半透明的粉红色，可以看到体内左右交替地长有呈“V”形平行排列的63—66个稍透明的肌节，左右交迭，这些肌节的数目是文昌鱼分类上的重要特征之一。
文昌鱼在我国产于福建、台湾、广西、广东、海南、山东和河北沿海地区的浅海中，尤以福建厦门刘五店最为有名。在国外，还见于日本、菲律宾、印度尼西亚、印度、斯里兰卡和非洲东部等地。
文昌鱼虽然雄雌异体，但在外形上很难区别，生殖腺常沿体壁成对排列，左侧24—27个，右侧25—29个，由腹腔向围鳃腔的两侧突入。它已具备原始激素系统调控其生殖活动，精子和卵子成熟以后，便随水流从腹孔排到体外，在水中受精发育。雌性一般在6—7月间第一次产卵，12月初第二次产卵。产卵多在午后日落前进行，受精卵在次日上午即发育成能自由游动的幼体，这时鳃裂的数目尚少，没有围鳃腔。三个月后长成成体，但性腺成熟则要到一年后才能发育完全。
文昌鱼对自然环境的要求十分严格，要求海水透明度较高，水质清洁，水深为5—10米，酸碱度在8.1—8.2之间，最适盐度为一升海水中含24—29克盐，最适宜的水温为12—30.5℃。有大量淡水流入的河口，酸度较高的海底污泥等环境，都会使其死亡。
文昌鱼身体的外形虽然有利于在水中运动，但并不像鱼类那样善于游泳。因为没有偶鳍，不能使身体平衡，也不能随意转弯，游泳时便只能依靠扭动身体和尾巴。平时最喜欢栖息于浅海粗松的含有贝壳碎片或棘皮动物碎骨片的沙地上，把身体埋藏于沙粒之中，仅露出头部准备随时摄取硅藻和微小的浮游生物等食物，在夜间尤为活跃。当一个地方的食物吃尽以后，它会借助身体的左右摆动游到另外一个适宜的地方，钻入沙里，摆好姿势，继续其摄食活动。有趣的是它对沙的质地也有选择，要求有较多的粗沙和少量细沙，因为带有淤泥的细沙地比较硬，钻不进去，另外细沙也会阻碍它的呼吸。
随着高集海堤的兴建以及大面积的海涂围垦，改变了海域的水动力条件，使文昌鱼赖以生存的砂质沉积环境遭到了严重的破坏。此外，拦河筑坝、浅海滩涂牡蛎养殖业的大发展、海底大量取沙、近海污染和酷渔滥捕等因素，也加剧了文昌鱼生存环境的恶化，使这一举世闻名的文昌鱼产地的资源日益枯竭，尤其是刘五店，已处于濒危状态。
所幸的是，近年来在厦门的黄厝和小嶝岛海区又发现了文昌鱼的栖息地，表明厦门仍然是我国文昌鱼的重要产地。1991年，当地政府建立了面积为5000公顷的厦门文昌鱼自然保护区，以免重蹈刘五店文昌鱼资源被破坏的覆辙。
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