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元明时期的西域：准噶尔部的兴起
元朝灭亡后，蒙古族封建主乘机割据，到15世纪初，形成东、西两大势力，东部蒙古称鞑靼，西部蒙古称瓦刺。明末清初，按照主要部落及其分布地区，蒙古族演变为漠南察哈尔蒙古，漠北喀尔喀蒙古和漠西卫拉特蒙古。卫拉特蒙古又分为四部，即游牧于伊犁一带的准噶尔部，游牧于鸟鲁木齐附近的和硕特部、游牧于额尔齐斯河流域的杜尔伯特部和游牧于塔尔巴哈台地区的土尔扈特部(土尔扈特部西迁以后，遂以原属杜尔伯特部的辉特部为四卫拉特之一)。
17世纪前期，卫拉特蒙古准噶尔部强大起来，他迫使土尔扈特部，和硕特部迁出天山北路，又迫使杜尔伯特部降服，从而占据了整个天山以北地区。1671年，噶尔丹掌握了准噶尔部的政权。当时叶尔羌汗国的黑山派和卓与白山派和卓为争夺政权而进行着激烈的斗争。 1670年，白山派的首领阿帕克和卓被驱逐出喀什噶尔，后来向噶尔丹求援。1678年噶尔丹出兵天山南路，攻占叶尔羌，叶尔羌汗国名存实亡。从此，天山南路成了准噶尔部的属地。
17世纪上半期，准噶尔部在哈刺忽刺及其子巴图尔洪台吉的领导下逐渐强大起来。1630年前后，迫使土尔扈特部西迁伏尔加河流域。之后，又迫使和硕特部离开乌鲁木齐一带，一路由顾实汗率领，迁至青海，并于1642年进入西藏；另一路由顾实汗之兄拜巴噶斯率领，进入河套地区。杜尔伯特部、辉特部也被迫屈服于准噶尔部。从此，准噶尔部成为瓦刺各部的霸主，控制了天山以北。所以我们今天仍把天山北路的盆地称为准噶尔盆地。
1665年巴图尔洪台吉死，他的第六子僧格继位。1671年僧格在权力斗争中被异母兄策臣(长兄)与卓特巴巴图尔(二兄)所杀。憎格的胞弟噶尔丹(巴图尔洪台吉第七子)夺取了政权。1677年噶尔丹出兵青海，兼并了和硕特部。次年，他利用叶尔羌汗国统治集团内部贵族派别的斗争，应阿帕克和卓之请，率军南下，攻占了叶尔羌城，俘虏叶尔羌汗国末代可汗伊司马义，并把他押往伊犁囚禁起来，扶植阿帕克和卓为傀儡汗。此后，天山南路在长达80年的时间里一直处于准噶尔部贵族统治之下。噶尔丹把*中心由塔尔巴哈台迁到伊犁河谷。
元明时期的西域:叶尔羌汗国
东察合台汗国的第12任汗阿黑麻在位时，把都城设在吐鲁番。他死前，长子满速儿在吐鲁番即位，成为东察合台汗国的第13任汗。
公元1514年夏，东察合台满速儿汗的三弟赛依德推翻了杜格拉特部在天山南路的统治，同年9月称汗，定都叶尔羌(今莎车)，史称叶尔 汗国。 1533年赛依德死，长子热西德继承汗位，他果断地镇压了杜格拉特部艾弥尔的反抗，巩固了政权。
叶尔羌汗国建立之后，在东察合台汗国境内出现了两个政权并存的局面。1543年，满速儿汗死，子沙汗继位。后来，沙汗死于一次袭击瓦刺的战斗中。叶尔羌汗国的第三代汗阿不都克里木(热西德汗的次子) 乘机出兵占领了吐鲁番、哈密等东部地区，结束了自东察合台汗国中期以后天山南路分为东西两部的局面，实现了统一。
叶尔羌汗国最强盛时的疆域，包括天山南部、巴尔喀什湖以东以南地区、伊赛克湖地区、费尔于纳盆地，巴达克山和瓦汗地区，管辖着祖国西部的实际版图。
叶尔羌汗国从1514年建立，历经6代、11位汗主政，到1678年被准噶尔部灭亡，存在了165年。
叶尔羌汗国同明朝有着密切的贸易往来，其中主要的是“马—一茶贸易”，同清朝也有着密切的*、贸易往来。
叶尔羌汗国把同明朝的贸易往来视之为“金路”，一旦谁妨碍其畅通，就会遭到汗国的反对。17世纪中叶，叶尔羌第9任汗阿不都拉恢复了与清朝的贸易往来，并遣使进表，确立了与清朝的臣属关系。1656年，阿布都拉汗派遣三十名贡使到北京，进贡了独峰驼、蒙古马、建玉等方物；清朝回赐大量的绢绸。
叶尔羌汗国境内的居民主要是信仰伊斯兰教的维吾尔族，统治者为信仰伊斯兰教的察合台和杜格拉特部的后裔。16世纪末到17世纪初，黑山派和白山派两支和卓势力，在叶尔羌汗国统治者们的支持下得到了发展，并终于形成为以夺取叶尔羌汗国政权为目的的两个*派别。
“和卓”是阿拉伯语的音译，意为“圣裔”，是对伊斯兰教创始人穆罕默德后裔的尊称，因而也成为某些并非圣裔的伊斯兰教中的上层人物自我标榜的称呼。
叶尔羌汗国第三代汗阿不都克里木执政时，为了加强自己的统治地位，把和卓伊斯哈克·瓦力从中亚地区请到叶尔羌。待到叶尔羌汗国后期，伊斯哈克·瓦力家族已成为左右叶尔羌汗国政局的一大势力。
当伊斯哈克·瓦力家族势力蒸蒸日上的时候，伊斯哈克异母兄长的两个儿子，即尤素甫与阿帕克和卓来到了喀什噶尔，逐渐形成一个新的宗教派别．热西德汗之孙阿布杜拉汗统治的后期，将其长子尧勒瓦斯排挤出统治集团核心，派往喀什噶尔出任总督。尧勒瓦斯决意扶植当地这一新的教派，以打击伊斯哈克 瓦力家族的势力，进而削弱其父阿布杜拉的地位。这样，过了不到一年，尤素甫与阿帕克和卓兄弟在喀什噶尔得势，从此在天山南路便形成了两派和卓势力。以伊斯哈克·瓦力家族为代表的一派，称为 “黑山派”；以尤素甫和阿帕克和卓兄弟为代表的一派，称为“白山派” (亦称“黑帽回”、“白帽回”)。
元明时期的西域:东察合台汗国
察合台汗国是指成吉思汗次子察合台和三子窝阔合后裔在天山南北所建立的政权。元朝末年，察合台汗国分裂为东、西两部，东部以阿力麻里为中心，包括喀什、吐鲁番一带；西部以撒马尔罕为中心，统治河中地区。今新疆绝大部分地区在东察合台汗国统治之下。
1306年笃哇死，察合台汗位几经更替，三传至他的第三子怯伯，一年后怯伯又让位给他的哥哥也先不花。1314年怯伯复位，把国都从阿力麻里迁至撒马尔罕，在河中地区提倡农业，实行改革，而也先不花汗则坚持游牧传统，汗国开始分裂为东、西两部。也先不花为东部汗，怯伯为西部汗。也先不花、怯伯死后，西域蒙古各部各自为政，互相攻杀。1348年，统治天山南路的杜格拉特部权臣布拉吉找到一个18岁的贵族秃黑鲁帖木儿，宣布他是也先不花的儿子，并在阿克苏拥立为汗。历史上把秃黑鲁帖木儿统治的地区稳为东察合台汗国。
秃黑鲁帖术儿是第一个信奉伊斯兰教的蒙古汗，他用强制手段迫使天山以北16万蒙古人改信伊斯兰教。
1363年，秃黑鲁帖木儿死，东察合台汗国发生内乱，布拉吉之弟卡玛鲁丁夺取了政权，并残杀秃黑鲁帖木儿的子女及眷属18人。1389 年，幸存的秃黑鲁帖木儿的幼子黑的儿火者即汗位，建都于别失八里；1418年，黑的儿火者之孙歪思汗，又把国都迁到亦力把里(今伊宁市)，所以东察合台汗国也称“别失八里国”和“亦力把里国”。
秃黑鲁帖木儿死后，西察合台汗国的艾弥尔(将罕)帖木兰乘机起兵，打败了东察合台军，自称成吉思汗的继承者，于1307年夺取了西察合台的政权，占据了撒马尔罕及整个河中地区，并脱离东察合台汗国，建立帖木兰政权。
东察合台汗国从1348年建立，历经8代、15位汗主政，到1514年被叶尔羌汗国取代，计立国166年。
东察合台汗国的疆域分三部分：一是亦力把里本部，东起北塔山，西到塔什干，北界额敏河至巴尔喀什湖一线，南包天山山脉；二是杜格拉特部领地，包括塔里木盆地周围，帕米尔及其以西费尔干地区；三是畏兀儿地，即吐鲁番盆地。
东察合台汗国同明朝保持着友好关系。
黑的儿火者登上汗位不久，便遣使到明朝进贡，明太祖盛情接待、赏赐，并派使臣回访。从此东察合台汗国历代汗，如沙迷查干汗、马哈麻汗、纳黑失只罕汗、歪思汗等都尊奉明朝为宗主，经常遣使进贡驼、马、玉石、皮货等特产；明朝则优厚回赐丝绢、金银等财物。
明朝为了统辖西域，1406年在哈密设卫。哈密卫是明朝在西域建立的行政、军事机构。明朝还册封西域各部首领为王，如哈密王、别失八里王、吐鲁番王、瓦刺王等，并任命西域各部头目为中部的都指挥、都渐佥事等官，管理本部行政事务。
东察合台汗国时期，哈萨克族在楚河、塔拉斯河流域形成，成为中华民族的一员，为开拓祖国边疆、发展西域经济作出了重大的贡献。
哈萨克族是我国古老的民族。公元前2世纪，生活在伊犁河谷和七河流域的乌孙人，融合了塞种人和月氏人成为哈萨克族的先世。此外，6—13世纪生活在这一地区的西突厥、突骑施、葛逻禄以及康居、阿兰、咄陆、铁勒等部落和部族也融合到哈萨克中。13—14世纪，哈萨克部落处于钦察汗国和察合台汗国的统治之下。1456年，克烈汗和贾尼别克汗率领哈萨克人在楚河流域建立了哈萨克汗国，都城为土尔克斯坦城。汗国的建立对哈萨克民族的形成具有决定性的作用。1589年，哈萨克人及其分布地区分三个玉兹，大玉兹分布于巴尔喀什湖南部及伊犁河到锡尔河之间的广阔地区；中玉兹分布在大玉兹之北，即巴尔喀什湖西北草原地带；小玉兹分布在今哈萨克斯坦西部。后来，大、中玉兹服属于准葛尔部，小玉兹被沙俄吞并。
元、明时期的西域：对西域的统治
1206年，蒙古汗国建立，1271年改国号为元。蒙元时期，西域大部分地区为成吉思汗次子察合台的封地。元朝末年，察合台汗国分裂为东西两部。明代，西域在东察合台汗园统治之下。明朝中叶，东察合台汗国演变为叶尔羌汗图。明末，漠西蒙古准噶尔部兴起，于清初兼并了叶尔羌汗国。元、明两代，西域各族人民为保卫和开拓祖国边疆、繁荣西域经济、发展科学文化技术，做出了卓越的贡献。
13世纪初，蒙古部首领铁木真统一蒙古高原各部，1206年被推举为大汗，称成吉恩汗，建立了蒙古汗国。1218年蒙古统一西域，然后继续西征，兼并了中亚和南俄钦察草原广大地区。
13世纪初，蒙古统一了散处于叶尼塞河上游一带的斡亦刺惕部。 1209年，高昌回鹘王国亦都护(王)巴而术阿而忒的斤袭杀了西辽派驻高昌的少监(官名)，归附蒙古。成吉思汗认他为第五子，并把公主婚配给他。同年，海押立(今塔尔迪·库尔干)和阿力麻里(今霍尔果斯附近)的葛逻禄部首领，也投附了成吉思汗。1218年，成吉思汗派大将者别率兵2万攻灭西辽，杀屈出律。喀什噶尔、莎车、和田等城相继降服，蒙古统一了西域。
1219年，成吉思汗亲率20万大军西征，次年攻灭阿姆河下游的花利子模，兼并了中亚地区。之后，蒙古大军又越过高加索山，进入钦察草原，打败俄罗斯联军，占领了南俄钦察草原。
蒙古统一西域后，即在高昌、别失八里(即北庭，在今吉木萨尔县境内)、阿力麻里(今霍尔果斯附近)、哈实哈尔(喀什)、叶尔羌(今莎车)、斡端(今和田)等地设达鲁花赤(地方最高长官)，监治西域各地。兼并中亚和南俄以后，成吉思汗分封四子，长子术赤分得钦察草原；次子察合台分得伊犁河流域、河中地区、焉耆以西直到咸海地区；三子窝阔台分得天山北路的塔城、额敏、和布克赛尔、阿勒泰等地和蒙古高原西部；幼子拖雷继承成吉思汗领地，即蒙古中心地区。高昌作为属国，亦都护的领土予以保留。1251中，蒙哥汗继位，又设别失八里等处行尚书省，管理天山南北畏兀尔地；设阿姆河等处行尚书省，管理阿姆河以南地区。
1260年，忽必烈即汗位，1271年，建立元朝。忽必烈主张更改蒙古旧制，采行汉法，建立与中原经济相适应的中央集权制封建政权，遭到了窝阔台孙海都和察合台后裔笃哇的武装反抗。
元朝为了对付海都、笃哇的反叛和加强对西域的控制，采取了一系列军政措施，行政上：忽必烈令皇子北平王那木罕出镇阿力麻里；并建阿力麻里行省，统辖伊犁地区。1281年改畏兀尔断事官为北庭都护府。接着在别失八里行省之下设置了别失八里、哈喇火州(吐鲁番)、斡端三个宣慰司，统管南、北疆的政务。军事上：1282年设阿力麻里元帅府，领天山北路；后又设别失八里元帅府，领天山南路。1295年，又设曲先塔林 (库车、塔里木附近)、北庭都元帅府，分统天山南北军务。
除了设置上述机构，元政府还采取了如下一些管辖西域的措施，如：设驿站，以加强情报和号令的传递；定赋税，令畏兀尔境内计亩纳税；设交钞库，管理流通的钞票；设提刑按察司，掌管刑狱；设哈赞忽咱，主管户籍。
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