一生物种系发生学软件获提速40倍 |
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| 来源：《生物信息学》 更新时间：2011-4-21 11:15:16 |
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来自南开大学生命科学学院，信息技术学院，澳大利亚莫纳什大学的研究人员采用最新的GPU加速技术，优化了生物种系发生学领域最流行的软件工具MrBayes，得到了最高40多倍的加速效果。 这一研究成果公布在《生物信息学》杂志上。
文章的通讯作者是南开大学信息技术科学学院副教授刘晓光，第一作者是2009级硕士研究生周剑夫，这一论文选题来自南开大学信息技术科学学院刘晓光、王刚课题组和该校生命科学学院卜文俊、谢强课题组的合作项目。
近年来，随着生命科学的不断发展，人类可获得的基因数据已呈爆炸性增长，与此同时，如何分析和处理基因数据成为一项新的挑战。这篇题为“MrBayes on a Graphics Processing Unit”（基于图形处理器的MrBayes软件实现）的研究成果，历经了3年的研究，为种系发生学领域更大规模的数据处理提供了一种新的方法，取得了理想的效果。
《生物信息学》杂志是生物信息学领域的顶级学术期刊，2008年影响因子为4.328的SCI一区刊物，这项研究采用最新的GPU加速技术，优化了生物种系发生学领域最流行的软件工具MrBayes，得到了最高40多倍的加速效果，为生物学研究数据处理提供了重要资料。
另外来自中科院的研究小组也解析了如何分析和挖掘Genbank中的mtDNA数据，他们分析了GenBank数据库中一些问题较多的数据集，指出Pereira等人不加选择地利用数据库中的数据进行分析存在的多种问题。研究人员就GenBank数据库中问题较多的mtDNA全基因组数据开出了一个长长的名录，便于后续研究者在分析时剔除这些序列。同时，他们对研究者如何提高数据质量提出了若干建议，如向数据库提交序列之前，研究者应该对数据进行仔细的检查和精确的核对，避免错误出现。对存入数据库中的序列，如果发现错误，应该及时更正并更新。（来源：生物通）
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