带有 NDM-1的耐药菌，多为大肠杆菌或者肺炎杆菌，属于革兰氏阴性菌，对绝大多数常用抗生素耐药，其中包括头孢类、碳氢霉烯类、氨基糖苷类等。作为抗生素最后一道防线的万古霉素，可用于耐药性的革兰氏阳性菌，但对于革兰氏阴性菌则不具活性。
已经发现的耐药菌属于革兰氏阴性菌。革兰氏阴性菌本身就对抗生素存在多种耐药机制。它既具有不能渗透抗生素的物理屏障，也可以通过“外排系统”泵出胞内抗生素。此外，抗生素结合的靶点还易发生变异，还能够产生分解抗生素的特异性酶。NDM-1病菌耐药的原理就属于后者。正是革兰氏阴性菌的多重耐药机制，使它在临床上逐渐成为“百毒不侵”的超级耐药菌。
自然界中的耐药基因
抗生素与耐药性如同“矛和盾”的关系，抗生素杀死微生物，耐药性又可以使微生物“免疫”抗生素。那么，导致这些耐药性的抗性基因到底从而何来呢？
最近两年，《科学》杂志和《自然》杂志均发表文章对此进行了论述。文章的观点是，在自然界中存在着广泛的耐药基因。如产生抗生素的真菌、放线菌，其抗生素合成基因簇中本身就含有“耐药基因”。在这些抗生素产生菌周围环境中生活的微生物，为了生存也会进化出“耐药基因”。动物活动、人类迁移、物理因素都能促使这些抗药基因的传播。而目前医疗、畜牧等行业中抗生素的广泛使用，以及生态环境中毒性物质的存在，又作为“筛选压力”，不断选择并进化了这些耐药菌。
如同抗生素来源于自然界的放线菌和真菌一样，目前绝大多数的耐药菌体内的“耐药基因”也是来源于自然环境中。微生物产生抗生素的最初目的是，为了抵御环境中的天敌或竞争者，而它自己是对抗生素的毒性“免疫”的。这是因为，编码抗生素的基因簇本身往往就含有“耐药基因”。
此外，最近的研究表明，很多不产抗生素的微生物体内也存在“耐药基因”，这些耐药基因在细胞内主要起到代谢调控、信号传递的作用。
自然界中广泛存在耐药基因这一事实也促成了对“微生物耐药性”研究方法的改变。以前人们使用“药敏试验”来判定微生物是否对某一种抗生素具有耐药性。而现在，更倾向于采用PCR技术和分子杂交等技术，通量检测病原菌DNA中是否含有可能的“耐药基因”，这种技术为临床用药提供了更科学的指导。
细菌的反击
在非临床环境中广泛存在着耐药基因，这是造成如今耐药菌泛滥的内因。而临床上的抗生素滥用，以及环境中的抗生素污染，则是造成耐药菌泛滥的外因。
实际上，自从上世纪第二次世界大战期间，随着抗生素开始应用于临床治疗，以及新型抗生素不断问世，其相应的耐药菌也就不断出现。
2008年《科学》杂志在“细菌的反击”一文中曾这样描述：1943年青霉素大规模使用，1945年院内感染的20%金黄色葡球菌对其产生抗性；1947年链霉菌素上市，同年该药耐药菌出现；1952年四环菌素上市，1956年其耐药菌出现；1959年甲氧西林上市，1961年其耐药菌出现；1964年头孢噻吩上市，1966年其耐药菌出现；1967年庆大霉素上市，1970年其耐药菌出现；1981年头孢噻肟上市，1983年其耐药菌出现；1996年，发现万古霉素耐药菌；2001年利奈唑胺上市，2002年其耐药菌出现。此后数年里，仅有达托霉素等寥寥数种新型抗生素问世。
万古霉素曾被誉为抗感染治疗领域的“抗生素最后一道防线”，但是，当临床上面临越来越多的万古霉素耐药菌(VRSA)和甲氧西林耐药菌(MRSA)后，人们开始广泛使用碳青霉烯抗生素，如亚胺培南、美洛培南等。如今携带NDM-1基因的耐药菌开始流行，再次证明，在抗生素研发与微生物变异之间的赛跑上，后者再次取得了胜利。这或许是人类噩梦的开始。
目前临床上大量使用广谱抗生素和抗生素的二类、三类用药，将人类菌群中少量的耐药菌被筛选出来，并在病理组织上形成致病的优势菌菌群。《柳叶刀》杂志2008年曾刊出通讯指出，我国医院内感染的致病菌有40%为耐药菌。耐药菌的增长率达26%，居世界首位。这在很大程度上是因为抗生素使用的不合理。据报道，在我国75%的季节
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