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海洋微生物新发现或将改写演化树

来源:新京报       更新时间:2011-3-27 12:25:52
 

  在过去的近300年中,生物分类法从两界、三界一直被扩充到六界三域,分类系统不断被改写。然而,演化树的改写可能还会继续下去。美国加州大学基因中心和文特尔研究所对海洋水样本中的DNA序列分析的合作研究发现,地球上可能存在着三个域之外的生物。

  外环境入手测DNA序列

  这个发现十分惊人,其可能改写从上世纪90年代以来延续的主流生物分类学法。研究是加州大学戴维斯分校基因中心的艾森(Jonathan Eisen)领头所做。他与同事们提取了一部分海洋水样本中的DNA进行分析,发现这些样本基因序列十分不同寻常,和人们平时所知的细胞生物似乎关系非常疏远,完全像是来自另外一个全新的生物域。

  基因分析是目前用来进行生物分类和判断的好工具。我们星球上大部分的物种并非日常所见的动植物,而是看上去像是一个个单一细胞的低等生物体,如果要判断它们在演化树上处于什么位置,生物学家们需要在实验室里培养它们,等有了足够的DNA后再进行基因分析。但艾森表示,这里的问题是,这些物种的绝大部分,差不多占所有物种的99%,都没法在实验室里被培育。“它们就像是生物宇宙里的暗物质。”他打了一个比方。

  为了探寻生物的“暗物质”,艾森展开了和世界上最出名的私人基因研究所———文特尔研究所的合作。“坏小子”文特尔因支持基因谱私有化和“人造生命”等立场而成为世界上最受争议的科学家之一,但是他拥有的私人研究所的确是当前最强大的基因研究机构之一。对于这项探究“暗生物”的挑战,他和他的同事们采用了一种现在很前沿的研究方法,叫做“宏基因组学”(微生物环境基因组学)进行研究,传统的微生物基因序列分析需要在实验室里培养微生物,但用宏基因组学,可以直接从环境样品中提取全部微生物的DNA,那就可以避开有的微生物很难在实验室里培养的难题。艾森表示,加上这种方法,无论是环境中采集的还是实验室里培养的,现在没有DNA序列是测不出来的。

  假设可能只是“错觉”

  在此次研究中,艾森和文特尔提取了“全球海洋取样考察”(Global Ocean Sampling Expedition)中采集的海水样品,通过宏基因组学分析,发现其中有一些基因序列和此前所知的彻底不一样,无论如何也放不进现有的演化树中。

  “问题是,它们是哪儿来的?”艾森说。目前还没有一个科学家能够解答得了,这些基因不知道到底是属于什么生物。不过,艾森表示,现在出现了两种假设,一种是这些基因序列来自一些很与众不同的病毒,而另一种假设则更为令人惊讶,这些神秘的基因序列或许代表着生命树上一个完全崭新未知的分支。

  这个假设是十分大胆的,生物学界一些人表示激动,但也有一些人认为现在就谈生命的“第四维度”为时过早。如加拿大渥太华麦克马斯特大学的生物学家古普塔(Radhey Gupta)说,尽管这个发现很有意义,但还是得小心下结论才行,因为可能有更多的解释,比如,这些基因序列可能来自一些生活在独特的环境中的细胞生物,有的环境可能导致生物的基因发生迅速的演变,这就有可能给做基因分析的科学家带来错觉,以为这是在很早很早以前就和其他生物分家了的“新”的生命形式。

  “现在生物是否分成三个域,或者这三个域之间的生物是怎么相互联系的,这些都还有着很大的分歧。”古普塔说,“如果再加上对第四个域的讨论,只会让人们更加困惑。”

  不过,法国巴黎第六大学科学家巴普苔丝特(Eric Bapteste)的回应则更积极一点:“事实就是基因是非常多样的,而且毫无疑问其中的大部分我们都是未知的,要设想还有一个全新的生物域在那儿这也是合情合理的。”

  演化树面临再次重写

  研究

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