些细菌，和别人体内的细菌有什么不同。
接下来要做的，是分析细菌群落中的其他基因，搞清楚哪些细菌在人体中比较活跃、有什么功能。这项工作也非常复杂，细菌不仅数量巨大，在提取过程中它们的基因还会混在一起。鉴定一种基因属于哪个菌种很难。相对而言，鉴定一种细菌基因是否活跃就比较简单了。幸运的是，在最近十年中，我们有了更强有力的计算机和超快的基因测序仪，只要不怕麻烦，完全可以完成过去无法完成的细菌分选和分析工作。
在美国和欧洲，各有一组科学家利用这种新技术，对人体内的细菌基因进行统计。2010年初，欧洲小组发表了他们对人体消化系统中细菌基因数目的统计结果——330万个基因(来自1 000多个菌种)，差不多是人类基因数量的150倍(人类有2万~2.5万个基因)。
在研究人体内细菌群落的过程中，有许多令人惊奇的发现——比如，你几乎找不到细菌群落组成完全一样的两个人，即使是同卵双胞胎。人类基因组计划(Human Genome Project)已证实：所有人的DNA99.9%都是相同的。看起来，细菌基因的变异对人类个体的命运、健康、行为造成的影响，远胜于我们自己的基因。不同人的体内，细菌种类和数量虽然大不相同，但对于大多数人来说，他们体内的、发挥关键作用的有益细菌
基因其实都差不多，尽管这些基因来源于不同的菌种。另外，即使是最有益的细菌，如果它们在不恰当的地方大量滋生的话，也可能导致严重的疾病。比如，细菌跑到血液中，就会导致败血症；进入腹部器官之间的组织网络中，就会导致腹膜炎。
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