解放初期，余云岫提出“处理旧医的提案”，指中医为“占星术”，“非完全革除不可”。不过，此时他的主张已明显和中央政府团结中医的政策相抵触。
团结中医的政策最早可以追溯到1928年。那年，毛泽东提出“建设较好的红军医院”，随后，又在《井冈山的斗争》中指示医院要“用中西两法治疗”。新中国成立前几天，毛泽东公开说了这样一句话：“必须很好地团结中医，提高技术，搞好中医工作，才能担负起几亿人口的艰巨卫
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对中医理论进行系统的批判。1929年，他领衔提出的“废止中医案”获得国民党中央卫生委员会通过。虽然决议案因中医界的抗议而最终取消，但他从此与中医界交恶。