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全性”，但认为“某些中药、中医疗法就像其他民族的传统药物、疗法一样，可能有其价值，值得用现代医学方法进行挖掘、研究，但是要用现代医学方法检验其有效性和安全性”。
和张功耀一样，方舟子对中医的批评也非自今日始。他2001年开始撰写文章，批评中医的理论体系，亦对中药的毒性和不良反应大加鞭挞。他用风格尖利的文字指责“中医是一个包含了哲学、玄学、迷信、民间医术和巫术的大杂烩”，将其归为“伪科学”，认为作为中医理论基础的“阴阳五行”说与现代医学的原则相冲突，中药的疗效未经西药普遍适用的程序(临床试验和统计)检验，尤其应受批判。
这些文章引起了激烈的争议。有人习惯性地指责他们是崇洋媚外，将争论诉诸民族感情，方舟子则认为，对中医的批评根本不是中医和西医之间的冲突，而是“现代医学”与“传统医学”的冲突。
“每个国家都有自己的传统医学，最后都被现代医学所取代。中国也不会例外。”方舟子说。反对者指责他并不了解中医的时候，这位毕业于匹兹堡大学的生物学博士反驳说，正如物理、化学和生物等现代科学门类没有民族、国家之分，现代医学的原则也是普遍适用的；既然没有中国特色的物理学，就不应该有中国特色的医学。
争论持续不断地进行，日复一日，支持者和反对者的对话渐渐失去新意，后来往往发展成为谩骂。
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