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俞樾思想的影响逐渐扩大。1900年前后，思想界已出现否定五行说的思潮。到民国时期，废止中医作为当时“中西文化之争”社会思潮的一部分，在思想界乃至政界都引起激烈的争论。作为中国传统文化的一部分，中医药学被当作旧传统、旧文化一并否定。当时最有影响的思想家如陈独秀、胡适、鲁迅、梁启超等都有这方面的言论。
在中国百年历史中，关于中医的存废问题，有过几次大规模的争论。
教育系统漏列中医案
1912年北洋政府统治时期，当时的政府以中西医“致难兼采”为由，在教育部第一届临时教育会议上，通过并于随后颁布了《中华民国教育新法令》。该《法令》前后颁布两次(1912年11月和1913年1月)，都没有把“中医药”列为教育学科，而是只提倡专门的西医学校。这就是近代史上著名的“教育系统漏列中医案”。
《法令》的颁布在当时引起轩然大波，中医界纷纷表示抗议。扬州中西医学研究会创始人袁桂生首先发出抗议：“教育部定章，于中医学校之课程，删中医科目，是可忍，孰不可忍。”当时京师医学会的代表们曾冲进教育部，要求教育部解释并为“北京医学会”立案，被时任北洋政府教育总长的汪大燮明确拒绝。
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