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另外需要指出的是，按照Ethernet扰码加密的要求，密钥即各级移位寄存器的初始值要实时更新（不少于1秒钟），并且每一个被加密的字节的上半个字节和下半个字节所使用的密钥不相同，要分别同时进行加密。所以这里的“加扰器”和“解扰器”是可编程的逻辑器件，并且该硬件结构还具有双路并列处理功能，用以同时对每一字节的上半个字节和下半个字节进行加扰和解扰处理。
在每次更新密钥之前，ONU都要通过上行链路给OLT随机地提供“新”的2n或2n-1种密钥中的一种，以尽量使经扰码后的数字信号“白噪声”化。在实际应用中，加解扰器的具体函数方程一般都要视情况而定，要根据加密的不同级别要求，适当地设计加解扰函数的复杂程度。
3.4 扰码加密的缺陷
扰码加密对系统的误码性能会有影响。在传输扰码序列的过程当中，如果发送端产生一个误码的话，在接受端解扰器的输出将会产生多个误码。这是因为解扰时会导致误码的增值。一般来说，误码的增值系数比扰码器的反馈移位寄存器的特征方程式的项数相等，即比移位寄存器的级数少1。
扰码的另一个缺陷是，当扰码器的输入序列具有某些伪随机码形式时，扰码器的输出可能就会是些全“0”码或者全“1”吗。不过，在实际的应用中，出现这种伪随机码形式的码组的可能性很小。
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