青蒿、黄蒿、青蒿素
在各种传说中，这个场景往往被描述为：在某一天的凌晨或者深夜，阅读葛洪的《肘后备急方》时，屠呦呦被灵感击中——那本古方上说：“青蒿一握 ，以水两升渍，绞取汁，尽服之。”然而，真实的实验却是繁复而冗杂的。
阅读过屠呦呦部分实验记录的美国国家卫生研究院疟疾研究室研究员苏新专认为，“她的实验设计还是非常严谨的。”在2009年出版的专著中，屠提到了当时的一系列实验，“青蒿成株叶制成水煎浸膏，95%乙醇浸膏，挥发油无效。乙醇冷浸，控制温度低于60℃，鼠疟效价提高，温度过高则无效。乙醚回流或冷浸所得提取物，鼠疟效价显著增高且稳定。”
她还特别提示：分离得到的青蒿素单体，虽经加水煮沸半小时，其抗疟药效稳定不变，“可知只是在粗提取时，当生药中某些物质共存时，温度升高才会破坏青蒿素的抗疟作用”。
在那个特殊时期，不需要个人署名的论文，新的发现迅速变成了集体的财富。1972年3月8日，在南京一次会议上，以“毛泽东思想指导发掘抗疟中草药”为题，屠呦呦汇报了自己在青蒿上的发现。很快，云南和山东等数个研究小组借鉴了她的方法，对青蒿进行研究。
自己的发现公布后不久，从黑色胶状的青蒿乙醚提取物中，屠的研究小组获得了他们起名为“青蒿素Ⅱ”的白色的针状结晶。这种结晶在临床前的动物毒性实验中表现出了对实验动物明显的心脏毒性。是否执行原方针，尽快拿到现场进行临床试用观察？屠呦呦和她的“单位”选择了富有当时特色的解决方式——先由3位科技人员进行“探路试服”，“由屠呦呦带头共3人，经领导审批，住进中医学院附属东直门医院……”
探路试服显示，青蒿素Ⅱ没有毒性，但后来在临床上的表现却不那么令人满意——“效果不好，又出现了较明显心脏毒副作用”，原计划的14个病人，只做了8例就中止了临床试验。最终，由云南药物研究所用汽油从当地的青蒿变种——大头黄花蒿中提取的青蒿素，在广州中医药大学李国桥主持的临床试验中展示了极好的抗疟疗效。
之后，1976年，上海无机化学所的周维善研究小组测定了青蒿素的化学结构，也发现了青蒿素全新的抗疟机理：青蒿素中存在一种全新的结构过氧桥。后来，因青蒿素不溶于油和水，无法使用针剂，对已不能进食的重症疟疾患者，几乎束手无策。上海药物所合成了可以制成针剂的蒿甲醚，那是第一个由中国发现的全新化学结构的药品。2001年，WHO将复方蒿甲醚等青蒿素类复方药物作为一线抗疟药物在全球范围内推广。
1977年，为了赶在国外发表的前面，表明青蒿素为中国人发明，由屠呦呦所在的中医研究院，以“青蒿素结构研究协作组”的名义在《科学通报》上首次发表了青蒿素的化学结构。
2011年8月中旬，北京大学生命科学院院长饶毅在博客中发表了关于青蒿素发现的故事，藉此提示对中药应有的研究方式：了解中药更明确适应症、有更好疗效，世界才能接受，真正适合的病人才能得到帮助。然而，之后拉斯克奖的颁布迅速把公众对青蒿素的讨论从传统中药引向了其他的方向。
个人主义与集体主义的交锋
拉斯克奖引发的第一个疑问是：为什么青蒿素没有拿到国内的科技大奖，反而先拿到了国外的大奖？
科学界主流的答案是：没法确定奖项的归属。屠呦呦获奖后，中国科协主席韩启德在一次公开场合的发言中曾表示：“青蒿素的发明，一直是我国引以为豪的科技成果，但仅仅由于难以确定成果归宿而一直没有得到足够的表彰和奖励……”而饶毅认为，青蒿素的发现史，“有助于了解中国大科学计划、大协作的优点和缺点”——两弹一星是成功的例子，而青蒿素的经验并不同于两弹一星。
1978年，523项目的科研成果鉴定会最终认定：青蒿素的研制成功，“是我国科技工作者集体的荣誉，6家发明单位各有各的发明创造……”在这个长达数页的结论中，只字未提发现者，只是含糊地说：北京中药所，1972年12月从北京地区青蒿植物中提取出青蒿结晶物，实验编号为“青蒿素II”，后改称青蒿素。当然，“青蒿素”的名称也是来自那次会议。
鲜为人知的是，青蒿素主要产自黄花蒿和大头黄花蒿，而在植物学界中，菊科很难分类，于是，“按中药用药习惯”，523计划的成果鉴定会上，“将中药青蒿原植物只保留黄花蒿一种，而其抗疟成分随传统中药定名为青蒿素”。
大协作的抗疟新药研发计划按照预定的轨道胜利谢幕。然而，很不幸，后来的一切并不像那份文件所希望的：“排名争议达成一致。”后来的几十年中，被认为不够“淡泊名利”的屠呦呦成了整个团队中让人头疼的因素，
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